On se sert souvent de cette touche pour des applications tel que gnome-do, dans compiz, ...
Je ne sais malheureusement pas à quoi est du ce dysfonctionnement, ne pouvant prendre le problème à la source, j'utilise la solution de bodman
en conclusion, j'ai rajouter ceci dans mon .bashrc :

xmodmap -e 'add mod4 = Super_L' &> /dev/null ||:

cette commande ajoute automatiquement la dite ligne, dans ledit fichier :

echo 'xmodmap -e '\''add mod4 = Super_L'\'' &> /dev/null ||:' >> ~/.bashrc

Note : Vu que ce bug est aléatoire, je ne suis pas certain qu'il soit bien "résolu", j'attends donc vos retours

Edit : je viens de corrigé la commande qui avait une petite faute.