Ceux qui lance compiz-fusion au démarrage sont généralement dans trois de ces cas :

  1. Ils ont activé les effets via Effets du bureau, puis lancent fusion-icon au démarrage
  2. Ils ont simplement fusion-icon au démarrage de la session
  3. Ils lancent fusion-icon à la main ...

Dans le cas n°1 compiz se lance automatiquement, puis fusion-icon rajoute une couche en lançant fusion

  • Avantages :
    • Pas de problèmes au chargement automatique d'applications nécessitant le bureau composite
      • cairo-clock
      • les arrondis de gnome-do
      • ...
  • Désavantages :
    • Chargement lent
    • des coupures du au changement de gestionnaire de fenêtres, ...

Dans le second cas, metacity se lance, puis fusion-icon charge compiz-fusion

  • Avantage :
    • Démarrage un peu plus rapide (du au fait que metacity se charge plus vite que compiz)
  • Désavantage :
    • Toutes les applications composite ne se lancerons pas comme il faut

La solution : lancer directement et uniquement compiz-fusion

  • Avantage :
    • Pas de problèmes avec les applications composite
    • Démarrage très rapide (comparé aux autres)
  • Désavantage :
    • Bon je l'avoue, j'ai un écran blanc dans Tilda à son démarrage automatique

Je pense que vous allez m'en vouloir de blablater comme ça, vu à quel point la solution est rapide à mettre en place : une simple commande faite pour vous

gconftool-2 --set --type string \
    /apps/gnome-session/rh/window_manager \
    "compiz --sm-client-id default1 --indirect-rendering ccp"

Voilà ça sera tout.
Pensez bien à retirer fusion-icon du chargement automatique de la session.
Si vous tenez tant à garder fusion-icon au démarrage, il faut lui dire de ne pas relancer compiz.
Personnellement je fais comme ça (ceci ajoute fusion-icon au démarrage et change un de ses paramètres) :

mkdir -p ~/.config/autostart
sed  -r 's/^(Exec=fusion-icon)$/\1 --no-start/' \
    /usr/share/applications/fedora-fusion-icon.desktop > \
    ~/.config/autostart/fedora-fusion-icon.desktop

Le fichier ~.config/autostart/fedora-fusion-icon.desktop est comme suit :

[Desktop Entry]
Name=Compiz Fusion Icon
Comment=Start and manage Compiz Fusion
Exec=fusion-icon --no-start
Icon=fusion-icon
Terminal=false
Type=Application
Categories=System;Application;
Encoding=UTF-8
X-Desktop-File-Install-Version=0.15